|
|
Implementing modern species delimitation techniques into fungal taxonomy: Aspergillus charting the course
Sklenář, František ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Haelewaters, Danny (oponent) ; Janko, Karel (oponent)
Tato práce se zaměřuje na implementaci moderních metod a přístupů pro delimitaci druhů u hospodářsky významného rodu Aspergillus, který je také využíván jako modelový organismus. Dosavadní taxonomické studie v rámci rodu Aspergillus zahrnovali několik lokusů DNA (obvykle čtyři) a samotná fylogenetická analýza většinou spočívala ve výpočtu fylogenetického stromu na základě jednotlivých lokusů a konkatenovaného souboru dat, v některých případech také vyhodnocení na principu genealogické konkordance. Použité soubory dat navíc obvykle obsahovaly pouze omezený počet kmenů od každého druhu. Doplnění sofistikovanějších metod fylogenetické delimitace druhů (většinou založených na modelu mnohodruhové koalescence) do taxonomie rodu Aspergillus dává analýze nový rozměr a přináší mnohem vyšší objektivitu taxonomických rozhodnutí. Každý z osmi prezentovaných článků obsahuje taxonomickou revizi určité části rodu s fylogenetickými analýzami založenými na souborech dat obsahujících DNA sekvence ze tří až šesti lokusů nebo data z celého genomu (série Nigri). Dostupná molekulární data jsou analyzována pomocí neustálé vylepšovaného a aktualizovaného souboru metod pro delimitaci druhů, který odráží pokrok dosažený v tomto oboru mezi roky 2017 a 2022. Jednotlivé práce se věnují také některým specifickým znakům, které...
|
|
| |
|
|
Taxonomy, diversity and clinical relevance of the genus Aspergillus
Hubka, Vít ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Labuda, Roman (oponent) ; de Beer, Wilhelm (oponent)
Aspergillus je druhově bohatý rod zahrnující téměř 400 druhů, který má velký ekonomický význam v oblastech medicíny, potravinářství, farmakologii a biotechnologických disciplínách. Výzkum zahrnutý v této práci se zaměřuje na aktuální problémy týkající se rodového konceptu, podrodové klasifikace a delimitace druhů. Práce reaguje na potřebu taxonomických revizí některých sekcí a druhových komplexů, a poskytuje nové informace o etiologii aspergilózy. Citlivosti k běžně užívaných antimykotikům jsou poskytnuty pro některé méně běžné oportunní patogeny. Taxonomická část práce přispěla k taxonomické stabilitě a novému konceptu rodu Aspergillus, který se změnil v reakci na přerušení duální nomenklatury u hub. Byl shromážděn dostatek argumentů (např. ověření monofilie, jednotící fenotypové znaky) pro zachování širokého pojetí rodu a vyhnutí se jeho rozdělení na několik rodů. Všechny rody typifikované jmény teleomorf a mající anamorfu Aspergillus byly synonymizovány s rodem Aspergillus, a byla vybrána vhodná jména podle pravidel priority; byly vytvořeny nové kombinace pro teleomorfní druhy, které postrádaly příslušná jména v rodě Aspergillus. Tato práce také přispěla ke zdokonalení podrodového členění prostřednictvím návrhu čtyř nových sekcí v podrodu Circumdati, které byly vytvořeny pro druhy s dosud...
|
|
|
Biologická a molekulární charakteristika Cryptosporidium suis-like
VLNATÁ, Gabriela
Cryptosporidium parvum VF383, běžněji známý jako Cryptosporidium suis-like, byl detekován u lidí, domácích přežvýkavců a divokých krys po celém světě a popsán několika různými jmény včetně Cryptosporidium suis-like, na základě blízkého fylogenetického vztahu k druhu C. suis, který parazituje u prasat. Na rozdíl od C. suis však nebyla tato kryptosporidie u prasat nikdy zjištěna. Izolát Cryptosporidium suis-like pocházející z divokých potkanů a použitý v této práci nebyl infekční pro selata nebo telata, ale byl infekční pro laboratorní potkany, myši kmene BALB/c a pískomily mongolské. Prepatentní perioda byla u všech hlodavců 4-5 dní. Patentní perioda u potkanů byla delší (>30 dní) než u ostatních hlodavců (<20 dní). U žádného z hlodavců infikovaných Cryptosporidium suis-like nebyly zjištěny žádné klinické příznaky infekce. Vývojová stádia Cryptosporidium suis-like byla pomocí histologie a elektronové mikroskopie zjištěna u všech vnímavých hlodavců pouze v tlustém střevě. Oocysty byly morfometricky podobné C. parvum a menší než C. suis, měřící 5,20 × 4,94 m. Fylogenetické analýzy částečných sekvencí SSU, aktinu a HSP70 ukázaly, že Cryptosporidium suis-like je geneticky odlišný od C. suis a dalších popsaných druhů rodu Cryptosporidium. Morfologické, genetické a biologické údaje podporují popsání Cryptosporidium suis-like jako nového druhu, pro který jsme navrhli název Cryptosporidium occultus.
|
|
|
Taxonomy, diversity and clinical relevance of the genus Aspergillus
Hubka, Vít ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Labuda, Roman (oponent) ; de Beer, Wilhelm (oponent)
Aspergillus je druhově bohatý rod zahrnující téměř 400 druhů, který má velký ekonomický význam v oblastech medicíny, potravinářství, farmakologii a biotechnologických disciplínách. Výzkum zahrnutý v této práci se zaměřuje na aktuální problémy týkající se rodového konceptu, podrodové klasifikace a delimitace druhů. Práce reaguje na potřebu taxonomických revizí některých sekcí a druhových komplexů, a poskytuje nové informace o etiologii aspergilózy. Citlivosti k běžně užívaných antimykotikům jsou poskytnuty pro některé méně běžné oportunní patogeny. Taxonomická část práce přispěla k taxonomické stabilitě a novému konceptu rodu Aspergillus, který se změnil v reakci na přerušení duální nomenklatury u hub. Byl shromážděn dostatek argumentů (např. ověření monofilie, jednotící fenotypové znaky) pro zachování širokého pojetí rodu a vyhnutí se jeho rozdělení na několik rodů. Všechny rody typifikované jmény teleomorf a mající anamorfu Aspergillus byly synonymizovány s rodem Aspergillus, a byla vybrána vhodná jména podle pravidel priority; byly vytvořeny nové kombinace pro teleomorfní druhy, které postrádaly příslušná jména v rodě Aspergillus. Tato práce také přispěla ke zdokonalení podrodového členění prostřednictvím návrhu čtyř nových sekcí v podrodu Circumdati, které byly vytvořeny pro druhy s dosud...
|
host ::
RSS.